Katolicka szkoła na Bronxie w 1964 roku. Charyzmatyczny ksiądz Flynn usiłuje złagodzić panujące w szkole obyczaje. Robi to wbrew kierującej szkołą zakonnicy – siostrze Aloysius Beauvier, która wierzy jedynie w surową dyscyplinę. Kiedy do szkoły zostaje przyjęty pierwszy czarnoskóry uczeń, a jedna z sióstr zauważa, że ojciec Flynn poświęca mu więcej uwagi niż innym dzieciom, siostra Beauvier rozpoczyna prawdziwą krucjatę, która ma na celu usunięcie księdza ze szkoły. Bez żadnych dowodów, jedynie polegając na własnym przeczuciu, zakonnica podejmuje walkę. Czy ma rację? Czy wolno jej na podstawie niejasnych odczuć oskarżać drugiego człowieka? Czy poznamy w końcu prawdę?
